应用物理系建于2002年，现拥有“应用物理学”和“声学”两个本科专业，材料电子学二级学科硕士点和光学工程专业硕士点，具有理论物理和凝聚态物理两个校级重点建设学科。“应用物理学”专业是校重点本科专业，“声学”专业是浙江省特色本科专业，是浙江省唯一、全国第三个开设的特设专业。具有浙江省物理实验教学示范中心，下设功能完备的普通物理实验室、近代物理实验室、应用物理专业实验室和声学专业实验室，实验室总面积2766平方米，设备总资产1100多万元，实验设备1500多台套。包括磁控溅射仪、离子束联合溅射仪、弧辉离子渗镀仪、Versalab振动样品磁强计、同步热分析仪、表面层分析仪、X射线发生器、逻辑分析仪、电磁测试系统、高性能计算集群服务器等大中型先进实验设备。

本系自2002年开始招生，至今已毕业20个班级，500余名毕业生。现在校8个班级，在校生200余人。目前，本系已形成以“物理计量”为特色，以“素质化人才培养”为目标，以“科研性实践教学”和“社会化服务”为导向，以“本科生导师制”为载体，适应专业培养和学生个性化发展的层次化和模块化教学实践体系。现有省精品课程1门，校精品课程5门，校重点课程6门，拥有校级教学团队1个，主持省级教改课题2项和多项校级教改课题，发表教改论文10余篇，出版教材2部。指导学生参与国家级大学生创新创业训练计划项目2项、浙江省新苗人才计划项目12项，指导学生发表论文11篇，获全国大学生物理实验竞赛二等奖3人次、三等奖3人次，省大学生物理科技创新竞赛获奖30人次，国际数学建模特等奖1人次，一等奖1人次，省级数学建模、省级各类物理竞赛获奖多项。